宇宙世紀0079。一年戦争末期に新型ガンダム開発の情報をキャッチしたジオン軍の特務部隊・サイクロプス隊が連邦の南極基地を襲撃。だが時すでに遅く、目的のニュータイプ用新型ガンダム「RX-78NT1アレックス」を搭載したシャトルは宇宙へと飛び去っていた。サイド6に住む少年アルは、ふとしたキッカケから、新型ガンダム「アレックス」を追ってきたサイクロプス隊の一人、バーニィと出会う。二人の間に奇妙な友情が生まれ、アルは自らの意志で強引にサイクロプス隊に入隊してしまう。サイド6を戦場にして、アレックスの破壊作戦が開始された。
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